В статье рассматривается пространственная дифференциация диффузного поступления азота и фосфора с агроландшафтов и её значение для оценки потенциальной эвтрофикации водных объектов бассейна Средней Волги. Цель исследования заключается в согласовании бассейновой оценки биогенной нагрузки с характеристиками принимающей водной массы. Используется расчётная схема SWAT, позволяющая разграничивать суббассейны и гидрологические единицы отклика с различными природными и хозяйственными характеристиками. Рассмотрены калибровочные показатели моделирования стока и гидрохимических параметров, а также сравнительные характеристики выноса азота и фосфора по типам территорий. Показано, что удельный вынос биогенов с водосбора не может непосредственно отождествляться с их концентрациями в водохранилище. Для оценки трофического состояния необходимо учитывать измеренные гидрохимические и гидробиологические параметры, водообмен и внутриводоёмные процессы удержания веществ.